一个好的薪酬制度可以减少员工流动，提高员工忠诚度和满意度，使企业绩效提高，并占得竞争优势。当人力资源专家从人力资本投资和激励机制的角度出发，满足公平、竞争、激励、经济等原则，制订出一套科学的薪酬体系之后，却面临一个现实问题：强调即时激励、复杂多变的薪酬体系如何与基于预算管理思想、有些刚性的薪酬总额控制很好地结合。
表面看起来，薪酬体系与薪酬总额控制不存在什么矛盾，因为薪酬体系设计之初，结合企业薪酬战略，为职位评价的点值赋值时，历史薪酬总额便是其中的一个考虑因素；并且，新的薪酬体系设计宣告结束之前，还要进行薪酬总额测算，对体系设计的可靠性进行检验。
然而，企业是不断发生变化的，它有正常的员工流失率，扩张战略的实施也会带来人员编制的膨胀；即使固定工资部分没有什么变化，由于企业绩效的变化，员工的浮动部分工资也会随之变化。运行中的薪酬体系其实际薪酬总额将围绕设计薪酬总额上下波动，不会时时保持平衡。
考虑到以上变化，企业进行年度薪酬预算的时候，在历史薪酬总量的基础上，结合物价水平、员工总人数、营业成本、销售收入、利润等因素的变动，对未来薪酬总额进行预测。显然这种宏观的、自上而下的薪酬总额测算，与由多种因素影响、自下而上、微观的薪酬设计组合并不是等量关系。一些企业在年度薪酬预算的基础上，还进行月度薪酬总额控制。薪酬的即时激励性与总额计划性孰轻孰重，如何最大限度缩小二者之间的差距，是需要解决的问题。
由于企业员工构成的复杂性，薪酬体系往往由多种基本薪酬制度组成。拿一般的生产性企业举例，企业员工一般包含管理人员、技术人员、销售人员、生产一线人员等等。基于有效激励的原则，根据不同岗位的工作性质，会产生不同的薪酬计算方法，其固定工资与浮动工资比例不同，绩效工资的考核指标不同，甚至兑现周期也不同。
固定工资部分。除了员工数量的变动，基于宽带薪酬理念的员工晋升通道设计也使其变动范围大大增加；正常比率的员工流动情况下，新员工试用期固定工资与正式员工的差异也是影响固定工资总额的一个变量。
绩效工资部分。为实现自我公平，员工的绩效考核指标都是基于具体岗位而设计的，对部门或员工考核的结果在设计值附近摆动。然而考核指标的不同，对薪酬总额的影响不仅体现在数量上，还使其变成一个时间变量函数。比如，对于生产一线人员，产品生产的数量和质量是其考核指标；而销售人员的绩效考核指标却是销售收入的完成或利润的实现。原材料入库、制成成品与成品销售、收回货款显然不在同一时间点上。因此，如果以当月的销售收入或利润进行月度薪酬总额控制，这些人员就站在了不同的起跑线上。
现实中的一些企业，将薪酬总额控制与薪酬体系生硬地连接在一起，表面实现了数字平衡，却没有取得激励效果，企业的薪酬总额呈刚性增长趋势，人才反而流失了。其进行月度薪酬总额控制的具体做法是：首先根据当月销售收入或税后利润等指标测算当月实发薪酬总额，然后用既定的薪酬体系计算每位员工实际应得工资，并进行加总；这两个数据拿到之后，用“实发薪酬总额”除以“员工实际应得工资的加总”，从而计算出单位分值兑现比例，用这个兑现比例乘以每位员工根据薪酬体系计算的“实际应得工资”，就得出员工真正能领到的工资数额。就是说，薪酬体系计算出来的工资变成了用于加权汇总进行分配的分值。员工工资结构没变，但岗位等级的点值却发生了变化。这样做产生的结果是：即使知道本部门或自身当月的绩效，员工也不清楚当月能拿到多少工资。还有，一些企业采取“以丰补歉”的方法避免薪酬“振荡”。由此，生产一线的工人，在当月产量突破历史最高记录的情况下，实际工资的增长也并不显著等等。薪酬制度因此失去了激励作用。
薪酬制度是为实现保健和激励作用。当自上而下的薪酬总额测算与根据薪酬体系计算出来的实际薪酬总额，即薪酬的即时激励性与总额计划性，出现矛盾的时候，应保证激励的有效性，执行既定的薪酬体系方案；而薪酬预算应保持一定的弹性，允许其在实际薪酬总额上下波动。
同时，为使薪酬预算最大限度贴近实际薪酬总额，需要解决不同人员薪酬分配要素的时间差异问题。根据不同人员薪酬的生成对公司的薪酬总额进行切块控制是一个可操作的办法，即生产一线人员的薪酬与生产成本相关，销售人员的薪酬与销售收入相关。以生产一线人员举例，生产一线人员的工资是计入生产成本的，生产车间不是利润中心，而是成本中心。这一部分人员的薪酬分配应与成本，而非销售收入或利润挂钩。在价值链管理被广泛应用的今天，企业生产运营的每一个环节都是一个战略业务单元，如果企业实行内部价值链管理，生产部门按订单生产，则生产人员的薪酬是可以与内部订单的销售收入建立起联系的。
工资具有刚性，企业在进行薪酬体系设计时要充分考虑到包含市场波动等多种因素的影响，避免员工薪酬的大起大落。而为了维护制度的严肃性，一经确定，薪酬制度就应当被严格执行。在总额计划性与即时激励性出现矛盾的时候，应保证激励的有效性，不能本末倒置，以预算人力成本倒推人员工资。否则，花了钱，却办了坏事；在已经建立起科学薪酬体系的基础上，设计出一套科学的、与激励机制紧密衔接的薪酬总额控制方法是解决矛盾的关键。
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